Църквата „Св. Стефан” („Новата Митрополия”) – един от най-значимите паметници на територията на резерват „Старинен Несебър” (Световно наследство) – е построена в края на 11 в. като трикорабна, триабсидна базилика и първоначално е била посветена на „Св. Богородица”. През 16 в. е преустроена, като наосът е разширен на запад, а през 18 в. към това разширение е пристроен и притвор. Фасадните стени са изградени от каменни блокове с видими тухлени редове – по външните повърхности и мазилка, покрита със стенописи – по вътрешните. Под корниза на източната фасада за първи път са използвани глазираните декоративни панички, характерни за периода 13-14 в. Интериорът на църквата е богато изписан – фреските в кораба от 1599 г. включват 258 сцени.

Единствената по-сериозна намеса по паметника е проведена през 1975 г., когато, наред с някои успешни мерки за архитектурно-строителна реставрация на сградата, е изпълнена и твърде некомпетентна реставрация на стенописите с неблагоприятни последици върху тях.

В началото на нашия век състоянието както на сградата, така и на стенописите, е твърде влошено – влагата прониква в интериора по всички възможни пътища – през покрива, през основите, през деформираните и неуплътнени дограми, както и през фугите между покривните ребра; гредоредът и лежащата върху него покривна конструкция на разширението са в критично състояние; дъсчената обшивка на целия таван е износена и поразена от влагата и от различни биологични агенти. Стенописите са сериозно увредени в резултат от неадекватната намеса и под въздействието на влагата и на безпрепятствено проникващия в интериора солен и влажен морски въздух.

През 2003, въз основа на изготвеното от БНК на ИКОМОС досие на проекта „Консервация и реставрация на църквата „Св. Стефан” в Несебър” е сключено тристранно споразумение, с което Фондация „А. Г. Левентис” и WMF – Robert Wilson Challenge възлагат на БНК на ИКОМОС изпълнението на проекта.
Но тъй като сумата, предвидена по това споразумение, е чувствително по-малка от стойността на проекта, впоследствие Фондация „А. Г. Левентис” осигурява самостоятелно цялото допълнително финансиране, необходимо за изпълнението на предвидените работи.

Управлението, администрирането, научно-методическото ръководство и надзора на реставрационните дейности се изпълнява от БНК на ИКОМОС и „Културно наследство” ЕООД.

В резултат от активния диалог между БНК и община Несебър, тя също се ангажира с финансирането и изпълнението на част от тези работи, а именно – устройството на двора и консервацията на фасадите на църквата с ликвидиране на пукнатинната мрежа по тях.

Основната цел на консервационната намеса при този паметник бе отстраняването на проблемите, засегнали паметника; защитата от по нататъшни вредни влияния и експонирането на ценностите на паметника.

Методологията на работата предвиждаше пълно проучване на обекта in situ и на наличната документация за предишни консервационни намеси и съществуващите научни публикации. След установяването на “диагнозата” на паметника, се изготви концепция за реставрацията и експонирането на паметника с участието на всички специалисти и се представи за одобрение от оторизираните инстанции. Комплексната намеса включваше в основни линии следните видове дейности по отделните специалности:

Архитектура

Изясняване на онези пунктове на паметника, които биха могли да дадат важни сведения за първообраза му; отваряне на прозорците в западния фронтон и разкриване на част от западната фасада на базиликата, скрита от таванската обшивка на уширението й от ХVІ век; осигуряване на правилна ходова линия за посетителите; осигуряване на допълнителна топлоизолация позволяваща максимално спазване на температурно-влажностните параметри; подобряване на покривния пакет с подмяна на керемидите.>

Конструкции

Подсилване на носещите елементи; създаване на условия за пространствено взаимодействие на връхната покривна конструкция; предаване на усилията на зидовете към основите; укрепване на отворите по фасади, необходимо за непрекъснатост на зидовете, поемащи сеизмични товари; конструктивно префугиране на зидарията.

Електрозахранване

Реконструкция на електрическата система (главно табло; осветителната инсталация; захранване на климатичната система, полилеи). Приоритетно се решава въпроса за естетическото въздействие на стенописите при тяхното художествено осветяване. Извърши се изготвяне на инсталации, осигуряващи експлоатацията на паметника; дифузно осветление в интериора на църквата; художественото осветление на стенописите, съгласно изискванията на художника и архитекта; захранване на апарати и съоръжения по техническите задания на ОВК, ВК; мълниезащита.

Отопление, вентилация и климатизация

Осигуряване на необходимото равновесие на относителната влажност и температура, създаващо гаранция за трайността на реставрационните намеси в стенната живопис и опазването на църковната мебел; проверка на акумулиращата способност на зидовете; стойности на температурата на въздуха в интериора - от 5-23 градуса (зимна и лятна); стойности на относителната влажност - около 55%; регулиране на температурните показатели включително компенсация при изменения на външната температура. Необходим обем на пресен въздух - 250 м3, отговарящ на 15 души посетители.

Консеравция на стенописите

Основната причина за разрушителните увреждания в стенната живопис на църквата са неорганичните водоразтворими соли, кристализирали и хидратирали в порите на полихромния слой и варовия грунд към структурата.

Условие за пълноценната консервация и реставрация на живопистта е максималното ограничаване на капилярната и инфилтрационната влага в стените на църквата, както и наличието водоразтворими соли във въздуха.

За постигане на надеждност и стабилност на консервацията на стенописите се изготви концепция за оптималната граница на реставрационната намеса, и съвременен подход при експонирането на интериора. Тя обхваща естетическите аспекти научно-историческото значение на декоративната система и иконографската програма на стенописите; параметрите на реинтеграцията на уврежданията и загубите в стенописите; техниката и стила на колоритната реинтеграция; технологичните аспекти на ретушите (адекватност на хроматични възможности и обратимост (отстраняемост) от автентичната повърхност на живописта)

Водопровод и канал

Приоритет на проекта е окончателната защита на църквата от инфилтрационна влага посредством осушителни канали вътре и подобряване пасивната вентилацията на въздушен канал в северната част на църквата. За целта се извърши проектиране на въздушен канал от към юг; актуализиране на дворната дъждовна канализация и на външния въздушен канал; изграждане на водосточна система, отвеждаща покривните води; изграждане на вътрешен въздушен канал.

Вертикална планировка

Направа на вертикална планировка на южната, западна и източни терени около църквата при спазване на изискванията на специалностите АРХ и ВК.

Противопожарна защита

Третиране на дървените конструкции с препарати осигуряващи защита от пожари. Осигуряване на инсталации за пожароизвестяване.

До края на 2007 г. бе реализирана архитектурно-конструктивната реставрация, отстранени бяха проблемите с влагата, част от стенописите бяха окончателно реставрирани. Изготвени бяха и указания за поддръжка на сградата и режима и на ползване.

През 2008 г. завърши окончателната реставрация на стенописите.

През месец май 2009 година беше направено официално откриване на църквата.